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建筑業(yè)的差額征稅是原先營業(yè)稅時代，建筑行業(yè)重要的流轉(zhuǎn)稅政策。嚴格來看，建筑業(yè)改為增值稅后，按照一般征收的原則，應(yīng)該不需要保留差額征稅的政策，直接按銷項稅-進項稅即可。但是，基于如下幾方面原因，營改增后，建筑行業(yè)在增值稅下仍存在如下幾種情況下的簡易征稅（類似營業(yè)稅總額征稅的方法），因此，差額征稅政策仍然需要保留：
1、開工日期在2016年5月1日前建筑工程老項目；
2、新項目中的甲供工程；
3、新項目中的清包工；
4、建筑工程總承包單位為房屋建筑的地基與基礎(chǔ)、主體結(jié)構(gòu)提供工程服務(wù)，建設(shè)單位自行采購全部或部分鋼材、混凝土、砌體材料、預(yù)制構(gòu)件的，適用簡易計稅方法計稅；
5、除此之外，無論是建筑業(yè)一般計稅，還是簡易計稅，如果屬于異地工程需要在外地預(yù)繳增值稅時，也涉及到差額后預(yù)繳問題，即建筑業(yè)異地預(yù)繳，需要按照其取得全部價款和價外費用減去支付的分包款，分別按2%（一般計稅）或3%（簡易計稅）在異地預(yù)繳增值稅。
這次的31號公告進一步明確了建筑業(yè)分包差額征稅的扣除問題，即：
納稅人提供建筑服務(wù)，按照規(guī)定允許從其取得的全部價款和價外費用中扣除的分包款，是指支付給分包方的全部價款和價外費用。
而總局針對31號公告的解讀中，進一步說明了出臺這條規(guī)定的原因?qū)嶋H上主要就是要解決建筑業(yè)增值稅分包差額征稅中，貨物價款能否扣除的問題。
實際上，這個問題在原先營業(yè)稅下就一直存在，《國家稅務(wù)總局關(guān)于納稅人銷售自產(chǎn)貨物提供增值稅勞務(wù)并同時提供建筑業(yè)勞務(wù)征收流轉(zhuǎn)稅問題的通知》（國稅發(fā)[2002]117號）專門就明確過這個問題。后期這條規(guī)定被納入了2009年修訂實施的《增值稅暫行條例實施細則》和《營業(yè)稅暫行條例實施細則》中，同時，國家稅務(wù)總局在2011年又專門出臺了13號公告明確了其中的一些操作細則。
營改增后，對于建筑業(yè)增值稅差額征稅中涉及貨物價款扣除的問題一直沒有明確，各地征管執(zhí)行口徑不一，終于總局在2019年31號公告中明確了。不過對照過往政策，31號公告寫得比較簡單，我們認為，實際執(zhí)行又應(yīng)該要把握如下幾方面問題：
一、貨物差額扣除不僅適用于簡易計稅也適用于異地預(yù)繳
我們前面就分析過，在增值稅一般征收中不涉及差額征稅，只有在簡易計稅中才涉及差額。而在建筑異地工程的預(yù)繳機制中，則不管是一般計稅還是簡易計稅，都涉及到差額預(yù)繳的問題。我們認為，31號公告中關(guān)于差額征稅中，可以扣除支付給分包方的價款包括貨物價款，應(yīng)該不僅包括簡易計稅方法，還包括一般計稅中異地預(yù)繳中的差額預(yù)繳。這個問題江蘇省稅務(wù)局是非常明確的。早在總局2019年31號公告出臺之前，乃至國地稅合并前，江蘇省國稅局就出臺了《江蘇省國稅局關(guān)于建筑服務(wù)增值稅差額扣除有關(guān)問題的處理意見》，其中就明確了分包貨物價款的扣除問題。該處理意見中明確規(guī)定了簡易計稅的差額和異地預(yù)繳的差額中，都允許扣除支付給分包方的貨物款項。
二、施工企業(yè)自購貨物、設(shè)備租賃款能否差額扣除
很多人在爭議第二個問題，就是施工企業(yè)差額征稅時，能否扣除自己采購的貨物或者設(shè)備租賃款。我們認為，這個爭議是沒有把握31號公告的精神導致的。31號公告中講的差額扣除是指支付給分包方的分包款，即這里涉及的貨物的差額扣除必須是建筑分包合同中涉及的貨物。
對比營業(yè)稅的規(guī)定，實際上銷售自產(chǎn)貨物提供建筑勞務(wù)分別征稅，原先都是強調(diào)一點即分包方必須“建設(shè)行政部門批準的建筑業(yè)施工（安裝）資質(zhì)”。如果31號公告中也包含這條規(guī)定的話，這類爭議應(yīng)該就不會發(fā)生了。因為如果是施工企業(yè)自購貨物或租賃設(shè)備，下游的貨物銷售方和設(shè)備租賃方并無建筑施工資格，和施工企業(yè)簽訂的也不是建筑分包合同，也就不涉及差額扣除問題了。
而真正麻煩的問題在于分包方和總包方開票和總包方和建設(shè)單位開票之間的差異，從而導致差額征稅與進項抵扣的重疊問題，這個問題在EPC工程和類似其他交鑰匙工程中很常見：
在EPC工程和交鑰匙工程中，往往是設(shè)備、安裝和土建工程結(jié)合在一起。此時，總包方會將專業(yè)工程分包。但是，在實際開票中會出現(xiàn)兩種情況：
第一種情況就是分包方分別就設(shè)備和建安給總包方開具了貨物銷售發(fā)票+建筑安裝發(fā)票。但是，總包方就這部分最終給建設(shè)單位開票的時候直接就含在建筑業(yè)總價款中開具的建筑安裝發(fā)票。此時，如果整個建安工程選擇的是一般征收，總包方在異地就分包工程差額預(yù)繳增值稅時，就應(yīng)該按扣除貨物和建安分包的價款差額。如果整個建筑工程選擇的是簡易征收，則總包方無論是異地預(yù)繳還是最后差額納稅，也是扣除分包方貨物和建安分包款。
第二種情況是分包方分別就設(shè)備和建安給總包方開具了貨物銷售發(fā)票+建筑安裝發(fā)票。但是，總包方最終給建設(shè)單位開票時，就分包方給總包方的這部分貨物（主要是設(shè)備）也是單獨開具的貨物發(fā)票給建設(shè)單位，剩余的開具了建筑安裝發(fā)票給建設(shè)單位。這種情況下，實際上對于分包方貨物價款部分，總包方是按貨物轉(zhuǎn)售方式和建設(shè)單位結(jié)算了。此時，如果整個建安工程選擇一般征收，總包方異地預(yù)繳增值稅差額扣除時，就只應(yīng)該扣除建安價款，不能扣除貨物價款。如果整個建筑工程選擇是簡易征收，無論是異地預(yù)繳還是最終差額納稅，扣除的也只能是分包方的建安價款，而不能包括貨物價款。
這一點江蘇省國稅已經(jīng)注意到了。在《江蘇省國稅局關(guān)于建筑服務(wù)增值稅差額扣除有關(guān)問題的處理意見》中有規(guī)定：總包方取得分包方開具的增值稅專用發(fā)票，并且已經(jīng)按照36號文規(guī)定的差額扣除計算銷售額政策申報繳納增值稅的，不得就同一張發(fā)票重復計算進項稅抵扣。
這個實際征管其實是很難區(qū)分的。因為在很多EPC工程和交鑰匙工程中，總包方既有自行的設(shè)備采購和安裝，也有專業(yè)工程分包。分包方和總包方開具貨物票+建安票的情況下，總包方也會給建設(shè)單位開貨物票+建安票。但總包方給建設(shè)單位開的貨物票有可能是自己采購的設(shè)備，也可能包含分包方給總包方開的貨物票進行按轉(zhuǎn)售處理的貨物。
那如何進行有效區(qū)分呢？一個可行的征管辦法是，對于分包中涉及的貨物發(fā)票，必須在貨物發(fā)票的備注欄中注明“建筑勞務(wù)發(fā)生地所在縣（市、區(qū)）和項目名稱”，這樣才能和總包方與建設(shè)單位的結(jié)算中進行比對管理，查看總包方對于這部分備注“建筑勞務(wù)發(fā)生地所在縣（市、區(qū)）和項目名稱”貨物銷售發(fā)票，最終是開具建筑安裝發(fā)票給建設(shè)單位還是開具的貨物銷售發(fā)票給建設(shè)單位，如果對應(yīng)分包方開給總包方的這部分貨物發(fā)票，總包方是按轉(zhuǎn)售開具同樣的貨物發(fā)票給建設(shè)單位的，則這部分貨物發(fā)票是不能差額扣除的。
這種做法我們看到在青島、江蘇國稅的相關(guān)征管意見中已經(jīng)有明確，這種做法也是完全必要的。
三、分包差額扣除是否一定要把握合法性問題
這個問題實際上在原先營業(yè)稅下就存在。第一個就是分包工程中是否和過去一樣強調(diào)分包方必須具有建筑業(yè)施工（安裝）資質(zhì)。如果分包方?jīng)]有建筑業(yè)施工（安裝）資質(zhì)，但開出來了建筑安裝發(fā)票，能否差額扣除。其次就是違法分包（轉(zhuǎn)包）能否差額扣除。按照《建筑法》規(guī)定，建筑工程總承包單位可以將承包工程中的部分工程發(fā)包給具有相應(yīng)資質(zhì)條件的分包單位，且禁止分包單位將其承包工程再分包。如果實踐中出現(xiàn)了違法分包或轉(zhuǎn)包的情形，能否給予增值稅分包差額扣除，這個也是原先營業(yè)稅一直有爭議的，這個問題在增值稅下繼續(xù)存在。鑒于各個部門都有自己的職責范圍，稅務(wù)機關(guān)不應(yīng)自行認定違法分包或轉(zhuǎn)包而否定納稅差額扣除稅收待遇。即使相關(guān)建筑主管部門認定了違法分包、轉(zhuǎn)包的，如果過往合同已經(jīng)履行的，我們也不建議去否定納稅人的差額征稅待遇，畢竟稅法并沒強調(diào)違法分包、轉(zhuǎn)包不能差額扣除。
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